故事(shì )是发生在Milo与(yǔ )Kida留在亚特兰提斯之後的事情。几艘(sōu )货船途经亚特兰(lán )提斯北方的海面遭(zāo )受攻击,於是Milo 、Kida跟随来访的探险小组一同展开调查,却发现攻击者并不是机器龙虾,而是其他神秘的力量。渡过这次危机之後,Kida 为了找出魔幻水晶最(zuì )适合的安排方式(shì ),便和 Milo 与探险队员踏上旅程,她要查出为何当初她父亲要(yào )把水晶隐(yǐn )藏起来,害他(tā )们的文明差点毁灭。他们也要做出决定,到底该把魔幻水晶拿来运用呢?还是将其永远隐藏起来?